NCBI  综合数据库,涵盖核酸、蛋白、结构、EST、STS等方面,不一一列举。 
EBI  欧洲生物信息研究所综合数据库,同时提供多种分析工具,内容不一一列举。 
EMBL-Bank  欧洲核酸序列数据库EMBL Nucleotide Sequence Database。 
DDBJ  日本核酸序列数据库DNA Data Bank of Japan。 
DBGET  日本京都大学整合的数据检索系统 
KEGG  日本京都大学基因和基因组百科全书 
Community Databases  Cyanobacteria annotation database;Bacillus subtilis genome database;Gene expression profile database 
MRS  MRS is a search engine for biological and medical databanks. Use it to search well over a terabyte of indexed text. 
UniProt  蛋白质序列和功能信息数据库,由Swiss-Prot和TrEMBL两部分组成。 
PDB  Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) 的蛋白质结构数据库 
NDB  罗格斯大学核酸结构数据库。 
Mitomap  加州大学欧文分校 提供的人类线粒体基因组数据库服务。 
mtDB  乌普萨拉大学提供的人类线粒体基因组数据库服务。 
NIAS DNA Bank  Rice、silkworm、animal、microbe等多个数据库。 
Pfam  基于多序列比对和隐马氏模型的蛋白质超家族数据库。 
MCSIS  包括G蛋白偶联受体数据库、核受体数据库、The PrionDB、钾通道数据库和G蛋白偶联受体作用分子数据库。 
EPD  启动子数据库Eukaryotic Promoter Database at EMBL, Heidelberg 
dbTSS  转录起始位点数据库database of Transcriptions Start Sites 
Jaspar  转录因子结合特性数据库The high-quality transcription factor binding profile database 
PLACE  植物顺式作用因子数据库Database of Plant Cis-acting Regulatory DNA Elements 
PlantCare  植物启动子数据库 
plantprom  伦敦大学植物启动子数据库 
SCPD  the Promoter Database of Saccharomyces cerevisiae 
TRED  冷泉港Transcriptional Regulatory Element Database 
TRRD  收集真核基因转录调控区域结构和功能组织信息,仅收录经实验验证信息。 
cisRED  Databases of genome-wide regulatory module and element predictions 
miRBase  曼彻斯特大学小RNA数据库 
HAPMAP  A public resource that will help researchers find genes associated with human disease and response to pharmaceuticals. 
TFD  转录因子数据库。 
SCOP  Structural Classification of Proteins 
CATH  蛋白质结构域手动分类。 
GRAMENE  禾本科基因组数据及相关分析工具。 
Database of Genomic Variants  A curated catalogue of structural variation in the human genome 
GrainGenes  A database of Triticeae and avena。 
TRANSFAC  真核细胞调控数据库,收费。 
Protein Kinase Resource (PKR)  蛋白激酶数据库,同时包含一些相应的分析工具,也可使用其镜像站。 
EcoCyc  Encyclopedia of Escherichia coli K-12 Genes and Metabolism 
UM-BBD  Biocatalysis/Biodegradation Database. It Lists and describes microbial pathways for the enzymatic degradation of numerous synthetic compounds。 
Enzyme Nomenclature Database  EXPASY的酶命名数据库。 
Gene Ontology  基因分类数据库,其目的在于规范基因及基因产物的命名。 
DIP  相互作用的蛋白质数据库(DIP)收集了由实验验证的蛋白质-蛋白质相互作用。 
COGs  蛋白质直系同源簇(COGs)数据库是对细菌、藻类和真核生物的21个完整基因组的编码蛋白,根据系统进化关系分类构建而成。