NCBI tool  NIH综合工具,部分功能已于下列出 
ExPASy  最常用的在线综合数据分析系统之一,部分功能已于下列出 
EBI tools  欧洲生物信息研究所综合工具 
EMBL SRS  检索EMBL核酸序列数据库 
NCBI batch entrez  NCBI批量下载数据工具(需有genebank登录号) 
Mobyle  巴斯德研究所综合工具,部分功能已于下列出 
ABIM ONLINE Tools List  部分生物工具收集 
human genome center  多种数据库及分析工具 
bioinformatics.org  综合工具,页面左下方有Online analysis tools链接 
pbil.ibcp.fr  蛋白质结构预测、蛋白质组注释工具等多种在线工具 
NCBI BLAST  NCBI序列比对Basic Local Alignment Search Tool。 
batch blast  批量blast工具 
BCM Search Launcher  集成多种比对,个人觉得用起来不是很习惯 
IGHM (French)  类似于NCBIBLAST的工具,可选择将结果发送至邮件 
PipeAlign  Ballast、DbClustal、Rascal、Leon、Clustering等功能 
Mobyle PHI-Blast  Mobyle PHI-Blast 
FASTA  FASTA程序是第一个广泛使用的数据库相似性搜索程序。 
conserved domains  NCBI保守结构与搜索工具。Find conserved domains in your sequence (cds) 
SNPs  NCBI单核苷酸多态性搜索工具。 
VecScreen  NCBI查找序列中载体序列工具。 
Multiple Alignment Tool  NCBI在线多序列比对工具。 
PRALINE  多序列比对 
MAP  多序列比对 
ClustalW2  多序列比对 
Genewise  Compares a protein sequence to a genomic DNA sequence, allowing for introns and frameshifting errors 
SwissModel  蛋白质三级结构预测服务器 
PAL2NAL  dN/dS在线分析。镜像站点。 
Gene Find in Eukaryota  基因结构/内含子/外显子/剪切位点等十余种工具。 
Operon and Gene Find in bacteria  细菌启动子/终止子查找及启动子操纵子预测。 
Gene Finding in virus  病毒基因预测。 
Gene Finding with similarity  基于序列相似性(EST/protein/genome)基因预测。 
Alignment  比对MB大小的数据,并可进行类似于BLAST的比对;将mRNA、蛋白、寡核苷酸与染色体进行匹配等。 
search for promoters/functional motifs  细菌、真核细胞/植物/人类启动子预测;寻找GC岛等十余种功能。 
Protein Location and Prosite Pattern finding  细菌、真菌、植物蛋白质亚细胞定位识别;细胞毒性Tlinbaxibao表位预测等多种功能。 
RNA Structuer computing  结构预测、细菌基因组终止子识别,MiRNA搜索及靶序列预测等多种功能。 
Protein secondary structure prediction  能量最小化、从头折叠、马可夫模型等多种算法预测蛋白质二级结构。 
Protein/DNA 3D-Visual Works  蛋白质三级结构查看,比较蛋白质三级结构(两两比对及PDB数据库比对)等多种功能。 
GenomeNet Bioinformatics Tools  BLAST/FASTA/MOTIF/CLUSTALW/MAFFT/PRRN/KAAS/EGassembler/GENIES/GECS/SIMCOMP/SUBCOMP/KCaM/E-zyme等功能 
MIRAGE  提供启动子/转录因子分析/DNA结合域预测。 
NDB tools  RNA Viewer/Base Pair ViewerRNA结构显示分析;HTHQuery/predictdnahthDNA/蛋白质结合预测;Query of PROtein Features 
GRAMENE  提供比较基因组、代谢、基因组标记等服务。 
repeatmasker  RepeatMasker is a program that screens DNA sequences for interspersed repeats and low complexity DNA sequences. 
CENSOR  generating a report classifying all found repeats. 
EMBL Bork Group services  提供十余种工具,如序列比对、Mass Spectrometry driven BLAST、蛋白序列注释、人nsSNP功能预测等。 
FOLD  RNA二级结构预测 
RNAfold   RNA二级结构预测 
Primer 3  在线引物设计。 
mutagenic primers design  利用PCR检测SNP时的引物设计 
Hardy-Weinberg equilibrium  哈迪-温伯格平衡和关联分析。 
GLIMMER  微生物开放阅读框的识别,NCBI也有GLIMMER工具。 
DNA Sequencing Errors Check  不同算法检测潜在的DNA测序数据错误。 
Webcutter  DNA序列分析主要是酶切位点分析,其特点在于可以支持简并DNA代码。 
NEBcutter V2.0  NEB公司核酸酶切 
Cutter  需注册,免费。获取序列的酶切信息 
enzyme digest of DNA  Restriction enzyme digest of DNA,几种不同的算法。 
WATCUT  restriction analysis, silent mutation scanning, SNP-RFLP analysis 
Translate  Expasy的核酸序列翻译成氨基酸序列 
Transeq  EMBOSS的核酸序列翻译成氨基酸序列 
BCM search launcher  德克萨斯医学中心的核酸序列翻译成氨基酸序列。可选读码框。 
Sequence tools  巴斯德研究所在线序列处理工具。提供Formats conversions, Display ABI trace file, Features, Sequence edition, Sequences manipulation功能。 
CBI  北京大学生物信息学中心。 
BioGPS  A free extensible and customizable gene annotation portal, a complete resource for learning about gene and protein function. 
Compute pI/Mw  EXPASY等电点分子量计算 
pI/Mw批量计算  国家生物医学分析中心蛋白质组学网 
University of Virginia tools  维吉尼亚大学网页工具,4大模块十余种功能,如二级结构预测、序列比对、蛋白质亲水性分析等。 
NNPREDICT  加利福尼亚大学提供的Protein Secondary Structure Prediction。 
predictprotein  哥伦比亚大学蛋白质序列分析、结构和功能预测服务器。 
Protein Structure Prediction  二级结构预测、蛋白质可溶性预测、跨膜螺旋和信号肽预测、卷曲螺旋预测、O-糖基化位点预测、同源建模和引线法结构预测功能。 
BMERC's PSA Server  波士顿大学蛋白质二级结构预测。 
robetta  蛋白质结构预测(从头预测),需注册使用。 
Verify_3D  验证预测的蛋白质三维结构是否合理 
vadar  验证预测的蛋白质三维结构是否合理 
TMPRED  预测蛋白质的跨膜区段和在膜上的取向,它根据来自SWISS-PROT的跨膜蛋白数据库Tmbase,利用跨膜结构区段的数量、位置以及侧翼信息,通过加权打分进行预测。 
sosui  Classification and Secondary Structure Prediction of Membrane Proteins 
COILS  Prediction of Coiled Coil Regions in Proteins 
PHYRE  Imperial College London帝国理工学院蛋白质同源性分析 
3D-GARDEN  Imperial College London基于TODE和RABBIT方法的蛋白质对接服务。 
3D-GENOMICS  Imperial College London 蛋白质结构和功能注释。 
3D-PSSM  Protein fold recognition using 1D and 3D sequence profiles coupled with secondary structure and solvation potential information. 
ConFunc  基于基因序列的蛋白质功能预测 
Genome Assignments  Structural assignments for theMycoplasma genitaliumandMycobacterium tuberculosisgenomes. 
PHUNKEE  Pairwise comparison of biological networks. 
codon usage database  日本Kazusa DNA Research Institute 。 
E.coli codon usage analyzer  加利福尼亚大学大肠杆菌密码子使用分析。 
graphical codon usage  图形化的密码子使用分析网站。 
signalP  著名的信号肽预测网站。 
SIG-Pred  利兹大学的信号肽预测工具 
TargetP 1.1  真核蛋白质亚细胞定位预测 
PlasMapper 2.0  在线质粒图绘制 
savvy  在线质粒绘图 
JustBio   Online Plasmid map drawing 
WEBLOGO  generate a sequence logo,image of a multiple sequence alignment  
SIM4  a program to align cDNA and genomic DNA 
Dotlet  sequence comparisons using a dot matrix  
Nucleic acid dot plots  a different dot matrix implementation  
PathBLAST  搜索目标物种中可能的蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction network) 
Whitehead BaRC  小功能。如根据基因注释提取UTR及CDs,分析数据中冗余序列 
PAG Recipes Calculator  聚丙烯酰胺配方计算 
Colorimetric Assay  标准曲线绘制工具 
CE Calculator  Beckman公司毛细管电泳数据处理 
进化分析超牛网址  提供方法分析及进化服务器(52个)导航 
BIONJ  Server for NJ phylogenetic analysis.邻接法进化分析 
PhyML  Server for ML phylogenetic analysis.最大似然法分析 
PHYLIP  Server for phylogenetic analysis using the PHYLIP package 
Phylogeny  Robust Phylogenetic Analysis For The Non-Specialist 
Evolutionary Trace Server  Maps evolutionary traces to structures  
SiRNA at Whitehead  需要注册,针对靶序列的SiRNA设计工具,每天限15个分析 
targetscanmammals  microRNA靶位点预测,可分析人、鼠、果蝇等物种 
siDirect  highly effective, target specific siRNA online design site. 
siRNA Target Finder  ambion公司的siRNA Target Finder。 
Human miRNA Targets  Memorial Sloan-Kettering Cancer Center的Human miRNA Targets 
siRNA Target Finder  GenScript公司的 siRNA Target Finder